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前言

几年前,我开始学编程,参考我自学编程的故事

我学 Python 是从翻译一本 中英双语版本的 Think Python 第二版开始的。 此外我还陆续翻译了 Kivy 中文编程指南, 斯坦福大学 CS229 课件讲义 以及 杜克大学 STA663 课件讲义

在我学习和使用 Python 的同时,经常帮身边的同学朋友写一写小段的代码来解决在地质学研究中的任务。后来我把这些片段代码聚集在一起,做成了一个模块,开始命名叫做 GeoPython,后来由于跟一个会议重名,而改名叫 GeoPyTool。

引用

文献开放获取: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1674987118301609

请按参考下面的方式引用:

Yu, Q.-Y., Bagas, L., Yang, P.-H., Zhang, D., GeoPyTool: a cross-platform software solution for common geological calculations and plots, Geoscience Frontiers (2018), doi: 10.1016/j.gsf.2018.08.001.

介绍

GeoPyTool 是基于 Python 构建的,用于解决地质学研究中的一些日常任务。 能够运行于几乎所有主流操作系统, 比如 Windows 7 SP1, Windows 8, Windows 10, macOS Sierra, macOS High Sierra, Ubuntu Linux, Debian Linux, Fedora Linux, 等等。

GeoPyTool 不依赖任何额外的商业软件, 比如 MS Excel 或者 CorelDraw, 直接从数据生成矢量图,计算结果则保存为 Excel 或者 CSV 格式。

GeoPyTool 包含常用的经典方法和一些近年来产生的新方法。 随着时间的推移,GeoPyTool 的功能会越来越多,目前的功能列表可以在这里查看

下载 GeoPyTool

实际上也不用安装,直接下载打包的文件就能够运行了,至少对于 Mac 和 Windows 用户来说是如此,下载链接在 Download 页面

如果你想把 GeoPyTool 作为一个模块在 Python 中使用,请参考 高级安装指南

授权协议

GeoPyTool 目前是开源项目,遵循 GNU 通用公共授权第三版(GNU General Public License v3.0)。 GeoPyTool 是一个 自由软件: 你可以自由复制与分发,但必须遵循 GNU 通用公共授权第三版(GNU General Public License v3.0)或者之后更新的版本。

Bug 反馈

任何程序都可能有 bug,GeoPyTool 也是如此。 我不是超人,经常犯错误,所以难免有 bug。 当你遇到 bug 的时候,请不要在那里大喊“有 bug”,也不要死命追问我“快帮我看看怎么办”。 希望你能够提供完整的信息,来帮助我了解 bug 发生的位置,最好还能提供一份导致 bug 的数据文件,让我来测试除错。

请把上面这些信息以及更多相关截图都发到 GeoPyTool 的 issue 中

别只想着让别人帮忙解决问题,也想想自己能够提供什么信息。

如果你在使用的时候遇到出错的情况,请按下图所示将命令行窗口里面的出错信息截图发来,这会很有帮助:

意见建议

如果你有什么意见建议,比如希望添加某个功能等等,都可以发到 GeoPyTool 的 issue 中。 如果要求添加某个功能,最好要有该方法的参考文献出处,数据样本,以及简单介绍。 这样能够节省很多时间,比如不用我们再自己去从原文中一个个复制出数据,也不用我们去通读全文来理解计算过程。 既然你要求某个功能,就希望你能够对其进行解释。 我们不比你更聪明,也不比你有更多的时间,所以请尊重我们的时间。

Mac 用户

对于 Mac 用户来说,下载压缩包,解压之后双击 GeoPyTool.app 这个文件就可以了。 根本就不用动什么 SIP(System Integrity Protection),所以没必要叽叽歪歪。

如果直接双击不能运行,系统偏好设置->安全性与隐私,允许一下就可以了。

如下图所示:

要更新也不难,右键这个 GeoPyTool.app 文件,显示包内容,然后进入到 GeoPyTool.app/Contents/Resources/UpDateGeoPytool。 双击GeoPyTool.app/Contents/Resources/这个目录中的UpDateGeoPytool。 就可以更新了,如下图所示:

千万别乱动 GeoPyTool.app 文件夹内的东西,自己作死没人管。

Windows 用户

如果你用的是 Windows 8/8.1/10/11,那就很简单了,下载打包文件之后解压缩,运行里面的 bat 扩展名的文件就可以了。

数据格式可以使 Xlsx/Xls 或者 CSV,但如果你用的是Windows 系统,最好用 CSV 格式, UTF-8 编码,无BOM,否则可能出现表格中大量 NAN 的问题,这或许是由于 pandas 在 Windows 上对数据表格的解析方式和 Linux 以及 macOS 上不一样导致的。

绝对不要放在中文路径下面!!!!

另外确保整个文件夹都在英文目录下,绝对不能放到中文目录里面,否则会遇到下面的错误:

不知道什么是扩展名?不知道怎么看扩展名?自己想办法吧,不要当伸手党和小宝贝。 开源软件已经相当于免费午餐,甚至都包含了免费餐具,还要专车来接么? 解压缩的那个文件夹里面的东西千万别动,一个都别删除,还是那句话,自己作死没人管。

如果你用的是 Windows 7,那稍微麻烦点,需要安装 SP1 补丁,然后还要安装 KB2999226 和 Visual C++ Redistributable 2015。

不安装这些,就会遇到 anapi-ms-win-crtrelated error这样的错误。

SP1补丁可以去 微软官网下载

KB2999226 和 Visual C++ Redistributable 2015 的安装包在打包文件中其实有了,也可以在下面这两个链接中下载: 32 bit Windows764 bit WInodws7

如果你用的是 Windows XP 或者 Vista,抱歉,走好不送,微软都不支持了,凭啥让我去支持?

Linux 用户

恭喜你,你既然已经日常用 Linux 了,探索学习技能就必然是基本能力了,水平肯定在我之上。所以我也就不提供打包文件了,而且为不同发型版打包也特别麻烦。 请你直接参考 高级安装指南 来通过命令安装使用吧。

数据模板

最新的数据模板都在 DataFileSamples 这个目录里面可以下载

Settings.xlsx 是展示各种设置项目的效果。

GeoPyTool 中的 Geochemistry 菜单目录下的功能用的都是一份数据,即 Geochemistry.xlsx,Structure geology 功能使用的是 Structure.xlsx,其他功能各自有对应的数据模板。

请一定遵守数据模板的格式,把你的数据复制粘贴进去,填写好设置信息。

空白数据

我不是超人,不能替你做决定,你的空白数据是没办法来拟合以及进行矩阵计算的,好端端的数据非要有空白,你不问测试单位来问我? 如果是别人的数据有空白,你自己要用就理应你自己想办法处理。我不能替你做决定,可能你要用0代替,也可能你要用随机值,或者可能你还有用空白格画朵花呢?

使用方法

这部分就去看功能演示吧,里面都是一个个案例。

输出

图片

GeoPyTool 生成的图片格式有三种可选,PDF 和 SVG 是矢量图,PNG 是位图。

调整坐标轴

每个成图的界面顶部都有一个菜单栏,如下图所示,是可以调整图片的坐标轴之类的信息的。

别墨迹说我没提供给你选项来控制坐标轴。

数据表格

GeoPyTool 当中的各种计算结果都可以保存为 Excel 或者 CSV 格式,自己爱用什么软件就用什么吧。

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